%USERPROFILE%\Documents\IISExpress\config に置いてある applicationhost.config を書き換えて、Visual Studio 2015 で動かしても反映されなかった。
iis express - Visual Studio 2015 - Change template for new applicationHost.config - Stack Overflow
どうも Visual Studio 2015 からは、solution の置いてあるフォルダの .vs/config にある applicationhost.config ファイルが利用されるとのこと。
以前の動きに戻す時は、.~proj の UseGlobalApplicationHostFile を True に変更する必要があるようです。
<UseGlobalApplicationHostFile>True</UseGlobalApplicationHostFile>
Visual Studio の GUI では設定出来なさそうなので、~proj ファイルを直接編集しましょう。