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メモ:Azure WebApps で 1つのリポジトリに複数の Webアプリがある時のデプロイ

Deploying TWO websites to Windows Azure from one Git Repository - Scott Hanselman

WebApps の Application settings の app settings に Project = Webアプリ.*proj を指定するだけでOK。

WebJobs だけを載せる場合も同様に、コンソールアプリ.*proj でOK。

ちなみに、WebApps と WebJobs を一緒に載せる場合は、
WebJobs を含むソリューションを Azure Web Apps へソース管理からデプロイする方法 - しばやん雑記
で紹介されている カスタムデプロイスクリプト でもいいですし、
Webアプリの .*proj ファイルの AfterBuild で コンソールアプリをビルドして、WebApps の App_Data 以下に配置する方法でもいけました。